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El área de investigación esta estructurada en tres líneas de investigación científica, cada una representada por un grupo de investigación; estas líneas son (en paréntesis el director de grupo y año de creación):

° Genética Molecular (Dra. María Mercedes Zambrano, 1995)

° Biotecnología Molecular (Dra. Patricia Del Portillo, 1995)

° Ecología, Metabolismo y Genómica Microbiana[+] (Dr. Howard Junca, 2010) [+]

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