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Es presidido por el Ministerio de Educación y Cultura al que le compete “la fijación de los lineamientos políticos y estratégicos en materia de Ciencia, Tecnología e Innovación.” (Cap. I art. 2º). El GMI no incluye actualmente al Ministerio de Salud Pública. Se estableció un vínculo directo con el Poder Ejecutivo.
Mientras que el GMI es un ámbito político, la Agencia es un órgano ejecutivo de la política y el CONICYT es un ámbito técnico de asesoramiento. Todos ellos impulsan los mismos objetivos estratégicos establecidos en el PENCTI.